Pemberontakan yang di dalangi oleh DI/TII di Jawa Barat ternyata dengan cepat merebak ke berbagai wilayah lainnya. Adalah pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah yang dipimpin oleh Amir Fatah. Gerakan berlangsung di beberrapa daerah seperti Brebes, Tegal dan Pekalongan. Selain itu Amir fatah juga dibantu oleh tokoh DI/TII lainnya yakni seorang Kiai Sumolangu, Moh. Mahfud Abdul rachman. Moh. Abdul Abdul Rachman ini memimpin pemberontakan yang dilakukan oleh mereka yang mengatas namakan dirinya sebagai "Angkatan Umat Islam" (AUI) di daerah Kebumen.


Pemerintah melakukan operasi kilat pada tahun 1950 tepatnya di bulan Januari untuk menghancurkan pemberontakan DI/TII ini. Dengan operasi kilat yang disebut "Gerakan banteng Negara" (GBN). Gerakan GBN ini dipimpin oleh Letkol Sarbini, selanjutnya digantikan oleh Letkol Bachrun dan digantikan juga oleh Letkol A. Yani. Dengan pasukan "Banteng Raiders" (sebutan untuk pasukan GBN) TNI menghabisi para pemberontak yang merja lela di Jawa Tengah dengan setidaknya menghabiskan waktu selama kurang lebih 3 bulan.

Namun tidak Sampai di situ muncul lagi pemberontakan yang dilakukan DI/TII yang dilakukan di daerah Kudus, Magelang. Yang menyulitkan pada pemberontakan ini adalah bergabungnya Batalyon 426 yang ikut melakukan pemberontakan pada bulan Desember 1951 atau hampir 2 tahun setelah dibentuknya GBN.

Pemerintah tidak tinggal diam dengan pemberontakan DI/TII di Magelang ini. pemerintah segera membentuk "Operasi merdeka TTimur" yang dipimpin langsung oleh Letnan kolonel Soeharto yang pada saat itu menjabat sebagai Komandan Brigade Pragolo. Akhirnya pemberontakan yang melibatkan Batalyon 426 berhasil di tumpas. Sisa-sisa dari pemberontak banyak melarikan diri ke Jawa Barat dan sebagaian juga melarikan diri ke daerah GBN.