Salah satu pemerintahan terkenal pada masa penjajahan Belanda adalah pemerintahan Daendels. Herman Willem Daendels yang pada tahun 1808 diangkat menjadi gubernur jendral di wilayah Indonesia mengemban tugas untuk mempertahankan wilayah Jawa dari serangan pasukan Inggris. Berbagai upaya dilakukan oleh daendels untuk mempertahankan wilayah jawa mulai dari memperkuat pertahanan hingga membangun infrastruktur yang memadai.


Peninggalannya yang saat ini masi tetap kita gunakan adalah pembangunan jalan yang menghubungkan antara pulau jawa bagian barat hingga bagian timur. Adalah pembangunan jalan Anyer-Panarukan yang membentang hingga sejauh lebih kurang 1000 km.

Masa pemerintahan Daendels merupakan salah satu masa sulit yang harus dijalani bangsa Indonesia pada saat itu. Misinya dalam memperkuat pertahanan dan ketentaraan telah mengkorbankan kesejahteraan masyarakat Indonesia. Daendels menerapkan sistem kerja paksa atau yang dikenal dengan kerja rodi dalam melakukan pembangunan jalan Anyer-Panarukan yang pada saat inimenjadi saksi bisu bagaimana sakit dan rintihan pekerja pribumi yang mati dalam pembuatan jalan tersebut.

Selain membangun infrastruktr jalan, daendels juga membangun benteng-benteng untuk memperkuat pertahanan. Untuk itu Daendels melatih orang-orang Indonesia dalam berperang dan membangun benteng-benteng, pabrik mesiu hingga membangun rumah sakit. Hal ini dilakukan mengingat tidak mungkin untuk menambah jumlah tentara dengan mendatangkan dari negeri belanda.

Setelah pembangunan jalan yang menghubungkan Anyer hingga PAnarukan selesai, daendels memerintahkan untuk membangun pelabuhan-pelabuhan dengan dilengkapi perahu-perahu kecil yang juga merupakan hasil keringat pribumi pada saat itu. Pembuatan pelabuhan ini menelan banyak sekali korban jiwa karena pada saat itu para pekerja banyak yang terserang penyakit malaria. Hingga pada akhirnya pembuatan pelabuhan itu terbengkalai. Namun Daendels bersikeras untuk menyelesaikan proyek pembangunan pelabuhan ini. Hal ini mengakibatkan kemarahan dari kerajaan Banten. Daendel menganggap jiwa rakyat Banten tidak ada artinya dan akirnya peperangan antara Kerajaan banten dan Belanda pun tidak terelakan.

Peperangan antara kerajaan Banten dan Belanda pun terjadi, pasukan Belanda menyerbu keraton dan berhasil mengasingan Sultan Banten ke Ambon. Selain itu Mangkubumi, seorang perdana menteri Banten dibunuh dan jasadnya dibuang kelaut karena dianggap merupakan tiang perlawanan terhadap pemerintahan Belanda. Belanda pun kemudian mengangkat sultan baru untuk memerintah kerajaan Banten yang wilayah kekuasaan yang telah diperkecil.

Selanjutnya untuk mengatasi reaksi raja-raja lain di Jawa, Daendels membuat aturan baru tentang sopan santun antara Belanda dengan raja-raja di Jawa Tengah. Sultan Nyayogyakarta bereaksi dengan menentang aturan baru ini dan menyiapkan rencana perlawanan. Namun Belanda yang mencium rencana Sultan Nyayogyakarta ini segera menyerbu keraton dan merampas semua isi keraton. Selanjutnya Belanda memperkecil wilayah kekuasaan kerajaan Nyayogyakarta dan memecat Sultan Hamengkubuwono I. Sejak saat itu Sultan Hamengkubuwono I dikenal dengan gelar SUltan Sepuh.

Pemerintahan Daendels berakhir ketika pada tahun 1810 Kerajaan Belanda yang berada dibawah pemerintahan Raja Louis Napoleon Bonaparte dihapuskan oleh Kaisar Napoleon Bonaparte. Negeri belanda kemudian menjadi wilayah Perancis sehingga secara otomatis Indonesia yang merupakan wilayah jajahan Belanda menjadi wilayah jajahan Perancis. Napoleon menganggap Daendels sangat otokratis atau otoriter sehingga pada tahun 1811 ia dipanggil kembali ke negeri Belanda dan kedudukannya digantkan oleh Gubernur Jendral Janses.