Kepulauan Maluku memiliki posisi yang strategis dalam perdagangan dunia di kawasan timur Nusantara. Pada waktu itu kepulauan Maluku merupakan penghasil rempah-rempah terbesar sehingga dijuluki sebagai The Spicy Islands. Di kepulauan Maluku terdapat dua kerajaan besar bercorak Islam yaitu Ternate dan Tidore. Kedua kerajaan tersebut terletak di sebelah barat Pulau Halmahera di Maluku Utara, pusat kedua kerajaan tersebut masing-masing di Pulau Ternate dan Tidore, namun wilayah kekuasaannya mencakup sejumlah pulau di kepulauan Maluku dan Papua.

a) Kerajaan Maluku
Di kepulauan Maluku pada abad ke-13 sudah berdiri kerajaan Ternate dengan ibu kotanya di Sampalu (Pulau Ternate). Selain kerajaan Ternate juga ada kerajaan lain yaitu Jailolo, Tidore, Bacan dan Obi. Diantara kerajaan-kerajaan tersebut yang paling maju adalah kerajaan Ternate. Kerajaan Ternate banyak menghasilkan rempah-rempah sehingga Ternate banyak dikunjungi pedagang dari Jawa, Maluku, Cina dan Arab. Menurut catatan orang Portugis, raja di Maluku yang pertama memeluk agama Islam adalah raja Ternate Gapi Baguna atau Sultan Marhum. Sultan Marhum masuk Islam karena menerima pengaruh dakwah dari Datuk Maulana Husin. Setelah sultan Marhum meninggal, digantikan oleh putranya yang bernama Zainal Abidin. Zainal Abidin hanya memerintah sampai tahun 1500, kemudian secara berturut-turut Ternate diperintah oleh Sultan Sirullah, Sultan Hairun dan Sultan Baabullah. Pada waktu kerajaan Ternate diperintah oleh Sultan Hairun, di Maluku berdatangan bangsa Portugis, Spanyol dan Belanda. Diantara bangsa-bangsa tersebut terjadi persaingan yang akhirnya terjadi konflik.
Bangsa Portugis berhasil mendirikan benteng di Ternate (Santo Paulo). Benteng tersebut dibangun dengan dalil untuk melindungi Ternate dari serangan Tidore yang bersengkutu dengan Spanyol. Dalam perkembangannya Portugis melakukan tindakan-tindakan yang menimbulkan kebencian rakyat Ternate, seperti melakukan kegiatan monopoli perdagangan, bersikap angkuh dan kasar, serta ikut masalah intern kesultanan Ternate.
b) Kerajaan Tidore
Kerajaan Tidore berada di sebelah selatan Ternate. Menurut silsilah raja-raja Ternate dari Tidore, raja Tidore yang pertama adalah Syahadati alias Muhammad Naqal yang naik tahta sekitar tahun 1081. Menurut catatan Portugis, Islam masuk pertama kali di Tidore sekitar 1471. Pada tahun 1521 raja Jailolo juga sudah masuk Islam lalu mengganti namanya menjadi Sultan Hasanuddin. Setelah kerajaan Ternate berhasil meluaskan wailayahnya dan membentuk persekutuan yang disebut Uli Lima, kerajaan Tidore juga mengikuti jejak Ternate dan berhasil mempeluas pengaruhnya di Halmahera, Pulau Raja Ampat, Seram Timur dan Papua yang disatukan dalam persekutuan Uli Lima.
Kerajaan Tidore merupakan penghasil cengkeh terbesar. Cengkeh dari Tidore ini sangat laku di pasaran Eropa sehingga banyak bangsa Eropa yang datang ke Tidore untuk mencari cengkeh. Antara kerajaan Ternate dan kerajaan Tidore pada mulanya dapat hidup berdampingan dan tidak ada komflik. Setelah datangnya bangsa-bangsa Eropa di Maluku, mulailah terjadi pertentangan karena Ternate dan Tidore bersaing menawarkan harga rempah-rempah dan pendirian benteng yang dihadiahkan kepada partner dagang sebagai penghargaan.
Benih-benih permusuhan mulai muncul sejak Portugis dan Spanyol memasuki Maluku pada tahun 1512. Portugis memilih bersahabat dengan Ternate dan Spanyol bersahabat dengan sultan Tidore. Portugis yang dibantu Ternate dan Bacan pada tahun 1529 menyerang Tidore dan Spanyol. Dalam peperangan tersebut Portugis menang dan menguasai perdagangan rempah-rempah di seluruh Maluku. Setelah Portugis menguasai Maluku, Portugis mulai melakukan tindakan sewenang-wenang terhadap rakyat Maluku. Akhirnya kerajaan Ternate dan Tidore bahwa keduanya harus bersatu untuk mengusir penjajah Portugis di Maluku. Dengan kerjasama kedua kerajaan tersebut, Portugis mengalami kekalahan tahun 1575 dan menyingkir ke Ambon.